結論
中小企業省力化投資補助金（一般型）は、入金で終わりではありません。事業完了後に5年間の効果報告が続き、賃金の要件を確かめるために賃金台帳の提出が求められます。第1回〜第7回の採択者には、労働基準法の保存期間に関わらず台帳を残すよう事務局が案内しています。総務・経理の廃棄ルールを今のうちに見直してください。
事務局（中小機構）は2026年10月6日付で「賃金台帳の保存について」という資料を公開しました。対象は第1回〜第7回公募の補助事業者です。補助事業の完了から効果報告までに数年空くため、台帳の法定の保存期間を過ぎてしまうおそれがある、というのが理由です。
効果報告は、いつから何年続くか
公募要領では、効果報告の時期を次のように定めています。決算期によって始まる時期が変わるため、自社の場合に当てはめておくことが大切です。
| 項目 | 公募要領の記載 |
|---|---|
| 事業計画1年目 | 補助事業を完了した事業年度（決算年度）の翌年度 |
| 事業計画期間 | 1年目から3〜5年 |
| 効果報告の時期 | 事業計画期間の1年目が終了してから、最初の4月より5年間 |
| 提出期限 | 毎年、事務局が定める期限まで |
| あわせて求められるもの | 事業に関係する調査への協力、事業場内最低賃金の確認のための賃金台帳の提出 |
たとえば3月決算の会社が2026年4月〜12月に補助事業を完了した場合、2027年4月からの事業年度が1年目になります。初回の効果報告は、その1年目が終わったあとの4月以降です。完了から初回の報告までに2年近く空くこともあります。
保存しておく賃金台帳の範囲
第1回〜第7回向けの資料では、保存の対象を次のように示しています。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 対象年度 | 基準年度（応募申請の直近決算期）〜事業計画期間の終了年度 |
| 対象者 | 対象年度に属する全従業員分（従業員の定義は公募要領による） |
| 保存期間 | 補助事業の完了の日の属する年度の終了後5年間（本事業に係る書類の保存期間） |
ポイントは、応募した時点の決算期までさかのぼって残す必要があることです。事業計画期間を5年にした会社ほど、残す期間は長くなります。資料では、効果報告のときに台帳が揃わないと要件の判定ができないと注意しています。
- 給与ソフトを入れ替える予定があれば、旧システムのデータを出力して保管する
- 社会保険労務士や給与計算の委託先に、補助事業の保存期間を伝えておく
- 文書の廃棄ルールに「補助事業関係は対象外」と書き加える
- 途中で入社・退職した人の分も含め、全従業員分を年度ごとにまとめる
効果報告で確かめられる3つの数字
効果報告では、事業計画に書いた数字の達成状況を毎年確認すると公募要領に書かれています。中心になるのは次の3つです。
| 数字 | 中身 |
|---|---|
| 労働生産性 | 付加価値額 ÷ 労働者数。年平均成長率で確認 |
| 1人当たり給与支給総額 | 全月分の給与を受けた従業員が対象。年平均成長率で確認 |
| 事業場内最低賃金 | 補助事業を行う事業場で最も低い賃金。毎年3月末時点で確認 |
目標の水準や基準年度の決め方は、公募回によって違う場合があります。たとえば第9回の公募要領では、給与の年平均成長率3.5%以上、事業場内最低賃金は地域別最低賃金+30円以上とされています。自社が採択された回の公募要領と交付規程で、目標値を確かめておいてください。
報告しない・未達のときの扱い
効果報告を期限までに出さなかった場合や、虚偽の報告があった場合は、補助金の返還を求めることがあると案内されています。賃金の要件が未達だった場合の扱いも定められています。
| 状況 | 公募要領の記載（第9回） |
|---|---|
| 効果報告をしなかった | 補助金の返還を求めることがある |
| 1人当たり給与支給総額の目標が未達 | 達成率に応じて返還（成長率が0以下なら全額） |
| 事業場内最低賃金の要件が未達 | その年ごとに、補助金額を事業計画年数で割った額を返還 |
付加価値額が増えず、営業利益が赤字の年が多い場合や、天災など事業者の責めに帰さない理由がある場合は、返還を求めないとされています。この判断にも決算書や台帳が必要です。また第9回の公募要領では、賃上げの加点を受けて採択された会社が要件を達成できなかった場合、未達の報告から18か月間、中小企業庁所管の補助金で大幅に減点されると書かれています。
まだ事業が終わっていない会社は「状況報告」
交付決定から1年が経っても実績報告を出していない事業者には、事務局から「状況報告」の依頼がメールで届きます。マイページから、発注日・納品日（予定を含む）や経費区分ごとの発注済金額を入力する手続きです。
状況報告は遂行状況を伝えるだけのものです。完了期限に間に合わない見込みのときは、別に様式第3の事故報告書を出して指示を受ける必要があります。実績報告は、事業完了から30日を経過した日か事業完了期限日の、いずれか早い日までです。
設備の処分制限は、効果報告のあとも続く
取得した単価50万円（税抜）以上の機械などは、事業計画期間が終わっても、法定耐用年数を過ぎるまで処分に制限がかかります。効果報告の時期は、設備の使い方を見直す時期とも重なります。売却や移設を考えるときは、先に事務局の承認が必要です。書類づくりの支援をご希望の場合、費用はご相談時にお伝えします。
関連ページ：中小企業省力化投資補助金（一般型）／採択後の手続き代行／補助金で買った設備は、勝手に売れない
出典
- 賃金台帳の保存について（第1回〜第7回公募対象）（中小企業省力化投資補助金 一般型 事務局／中小機構）
- 中小企業省力化投資補助金（一般型）公募要領 第9回（中小機構）
- 状況報告の手引き（中小企業省力化投資補助金 一般型／中小機構）
- 応募・交付申請の流れ（中小企業省力化投資補助金 一般型）
制度の内容・金額・締切は変更されることがあります。申請前に必ず最新の公募要領をご確認ください。